基督教二度传华是元朝的也里可温教。也里可温，蒙古语，希伯来文上帝 （Erkeunor Arkaim）的转音。故也里可温教，就是『上帝教』或『信奉上帝 的人』。

元朝也里可温教主要有两个宗派，是为「景教」及「罗马天主教」。时人皆称用「也理可温」教徒称之。

1. 景教的一支

   唐朝覆亡后，景教於中土上消失，但边疆少数民族仍有些信奉，甚至全部族皆信奉。如：蒙古族的克烈、乃蛮、蔑里乞及汪古，畏吴儿族等接信奉景教。另外还有些色目人。

   　　而蒙古各支族是在十三世纪，由成吉思汗统一起来，结集成一股极为强大的军事势力。迅速席卷欧、亚，向西直捣俄罗斯及波兰、匈牙利，向东则接连消灭西夏、金及南宋，建立了一个历史上空前的大帝国元朝。

   虽然蒙古人有他们自己传统的宗教信仰，但由於文化不高，宗教的排他性不强，加上帝国幅员广大，统辖的民族又多，必须推行宗教宽容政策。於是很多不同的宗教都得以在帝国的范围内传播。景教因之而在元朝复兴起来。

   　　有两个畏吾儿人教士很有名，北京的巴扫马 Bar Sauma与山西的马可 Markos。西元1278年他们发誓要去耶路撒冷朝圣，中途在马拉家城遇见景教最高领导人（又称大总管），马登哈 Mar Denha。继续西行，但碰到战争只好折返。正巧马登哈去世，马可竟被推选接任东方教会的大总管。

2. 天主教的一支

   景教在蒙古及东方的部族盛行的消息，十二世纪在欧洲广为流传。其中一个传说「长老约翰王」更是多人皆知。「约翰长老王」是传说东方有位极有势力的君王，信奉基督教。於是欧洲的基督教国家便想要跟这位「约翰长老王」一起东西夹攻回教。另外，此时也刚好有人假造「约翰长老王」的信函，寄发给许多欧洲的基督教君王。更是得这传说甚嚣尘上。

   於是第十三世纪西方教廷便派出两位修士来中国探勘，是否真有这位约翰长老王。不过当他们来到中国发现全然不是这回事，便打退合作计画。

   而元世祖忽必烈在西元1296年曾委托两位商人波罗 Polo 兄弟传信给西方教皇。请教皇差派一百位通晓七艺（文法、论理学、修辞学、算学、几何学、音乐、天文学）的传教士来华。并且带回耶路撒冷耶稣坟墓上的长明灯里一点圣油，让元世祖可以礼拜。教皇后来派了两位修道士跟著波罗兄弟回中国，但是中途不知何故便折返。剩下波罗兄弟以及他们其中一位的儿子马可波罗 Macro Polo回到中国。

   到了1289年，教皇尼古拉四世派出孟高维诺 John of Montecorvino来中国传教三十四年。当时天主教人数大约有一万人以上。当时中国的天主教徒多数是高加索的阿兰人（元朝时的色目人），他们随蒙古人进入中国，在朝廷当官。后来当元朝被明朝取代后，这些人就离开中国，於是天主教也就消失。因为在中国，天主教信仰没有进入汉人阶层，只停留在异族统治阶层。