十六世纪的改教运动，披露天主教的腐败，并带来基督教与天主教的分裂。但对天主教却有一种很好的改革，耶稣会就是其一清流。耶稣会不仅带来一些改革，并且很重视将福音传到外邦。而将天主教传入中国，最有名的是耶稣会士利玛窦。

利玛窦初到中国时，入境随俗，他穿起和尚的袈裟，设法传福音。然而没多久他发现，和尚在中国人的地位其实蛮低的，没有多少人理会他这个洋和尚。在苦心研究后，他发现儒者才是中国被尊崇的人。若要有效地跟中国人接触，打入对中国社会有影响力的知识与统治阶层，就必须了解孔孟学说、熟读四书五经。於是改弦易辙，他便身穿儒服，苦学中文，结识学者名流，并尝试与之对话。

利玛窦研究当时中国文化的显学「宋明理学」，发现这是一种无神的学说，基督信仰无法切入。在他研究到先秦原始儒家时，发现孔子尊崇的「天」，实在是接近一种有位格的上帝。找到这个切入点时，他开始用先秦儒家来压制宋明儒家。并让中国士大夫正视自己文化的缺陷，需要基督信仰来「补儒」。从而达成基督信仰取代儒家信仰的「超儒」境界。

当年耶稣会的会士训练极为严苛。一个完整的会士训练要经过十五年，除了基督信仰该具备的知识外，人文、自然科学都少不掉。以致於当这些极端优秀的会士进入中国时，自然而然地将西方最强的科技与思想带进来，因此吸引不少中国提倡改革的知识份子。明末清初的中国知识份子故从之学到不少东西。继会士利玛窦之后，第二有名的会士就是汤若望，他甚至成为第一位传教士被朝廷聘用的钦天监（天文台长）。在这些耶稣会士努力下，天主教在中国得到盛大空前的发展。

在明朝末年，耶稣会士并获得进出禁宫的自由，可以向后妃传道。当时皇太后、皇后、太子都受洗入教。永历帝甚至也曾参与弥撒。当明朝要灭亡前，皇太后还向教皇求援，不过欧洲却没有提供任何援助。

到了清初，皇帝对天主教仍采优容政策，让教士依然在宫内任职。然而却发生件大事「礼仪之争」，使得整个天主教传教工作开始发生问题。

「礼仪之争」的问题，简单的说就是基督徒可不可以尊崇孔子与祭祀祖先！其实这个问题到现今，对於知识份子还是不小的问题。儒家学说对於中国社会和文化是最重要的基础，不容置疑。不祭孔者，就没资格参加科举考试、不能做官、、，相当於「不忠」。不祭祖者，则是「不孝」，可受万人的唾骂。

利玛窦其实早就知道这件事。但是因为他把儒家推到「先秦原始儒家」，而非「宋明理学」，因此他认定「祭祖祀孔」不能算是宗教行为。但是除了耶稣会之外，此时还有很多其他差会也进入中国。彼此间发生不少竞争与敌意。於是乎另一些人（如道明会）反对耶稣会纵容中国信徒祭祖祀孔的拜偶像活动，竟上书教皇，请之裁示。1704年教皇革利免下令全面禁止中国的信徒进孔庙、祠堂、上坟、、等，所有与祭祖祀孔相关活动。这个禁令传到皇帝耳中，使得中国皇帝康熙大为震怒！！他认为远邦的小教祖，胆敢破坏中国传统的礼仪，竟管辖权拓展到自己的臣民，僭越中国皇帝的地位，岂不是一种挑战？因著「礼仪之争」，使得康熙因此下了禁教之令。

接著是雍正大帝，他本来就对天主教没有好感，加上天主教会士曾介入他与他的兄弟争夺皇位里，故他亦是下令禁教。甚至中国人信基督教，一律处以死刑。

干隆与之后继位的皇帝也都下令禁教。天主教在中国的黄金时期终告结束。实在可惜！！