十六世紀的改教運動，披露天主教的腐敗，並帶來基督教與天主教的分裂。但對天主教卻有一種很好的改革，耶穌會就是其一清流。耶穌會不僅帶來一些改革，並且很重視將福音傳到外邦。而將天主教傳入中國，最有名的是耶穌會士利瑪竇。

利瑪竇初到中國時，入境隨俗，他穿起和尚的袈裟，設法傳福音。然而沒多久他發現，和尚在中國人的地位其實蠻低的，沒有多少人理會他這個洋和尚。在苦心研究後，他發現儒者才是中國被尊崇的人。若要有效地跟中國人接觸，打入對中國社會有影響力的知識與統治階層，就必須瞭解孔孟學說、熟讀四書五經。於是改弦易轍，他便身穿儒服，苦學中文，結識學者名流，並嘗試與之對話。

利瑪竇研究當時中國文化的顯學「宋明理學」，發現這是一種無神的學說，基督信仰無法切入。在他研究到先秦原始儒家時，發現孔子尊崇的「天」，實在是接近一種有位格的上帝。找到這個切入點時，他開始用先秦儒家來壓制宋明儒家。並讓中國士大夫正視自己文化的缺陷，需要基督信仰來「補儒」。從而達成基督信仰取代儒家信仰的「超儒」境界。

當年耶穌會的會士訓練極為嚴苛。一個完整的會士訓練要經過十五年，除了基督信仰該具備的知識外，人文、自然科學都少不掉。以致於當這些極端優秀的會士進入中國時，自然而然地將西方最強的科技與思想帶進來，因此吸引不少中國提倡改革的知識份子。明末清初的中國知識份子故從之學到不少東西。繼會士利瑪竇之後，第二有名的會士就是湯若望，他甚至成為第一位傳教士被朝廷聘用的欽天監（天文台長）。在這些耶穌會士努力下，天主教在中國得到盛大空前的發展。

在明朝末年，耶穌會士並獲得進出禁宮的自由，可以向后妃傳道。當時皇太后、皇后、太子都受洗入教。永曆帝甚至也曾參與彌撒。當明朝要滅亡前，皇太后還向教皇求援，不過歐洲卻沒有提供任何援助。

到了清初，皇帝對天主教仍採優容政策，讓教士依然在宮內任職。然而卻發生件大事「禮儀之爭」，使得整個天主教傳教工作開始發生問題。

「禮儀之爭」的問題，簡單的說就是基督徒可不可以尊崇孔子與祭祀祖先！其實這個問題到現今，對於知識份子還是不小的問題。儒家學說對於中國社會和文化是最重要的基礎，不容置疑。不祭孔者，就沒資格參加科舉考試、不能做官、、，相當於「不忠」。不祭祖者，則是「不孝」，可受萬人的唾罵。

利瑪竇其實早就知道這件事。但是因為他把儒家推到「先秦原始儒家」，而非「宋明理學」，因此他認定「祭祖祀孔」不能算是宗教行為。但是除了耶穌會之外，此時還有很多其他差會也進入中國。彼此間發生不少競爭與敵意。於是乎另一些人（如道明會）反對耶穌會縱容中國信徒祭祖祀孔的拜偶像活動，竟上書教皇，請之裁示。1704年教皇革利免下令全面禁止中國的信徒進孔廟、祠堂、上墳、、等，所有與祭祖祀孔相關活動。這個禁令傳到皇帝耳中，使得中國皇帝康熙大為震怒！！他認為遠邦的小教祖，膽敢破壞中國傳統的禮儀，竟管轄權拓展到自己的臣民，僭越中國皇帝的地位，豈不是一種挑戰？因著「禮儀之爭」，使得康熙因此下了禁教之令。

接著是雍正大帝，他本來就對天主教沒有好感，加上天主教會士曾介入他與他的兄弟爭奪皇位裡，故他亦是下令禁教。甚至中國人信基督教，一律處以死刑。

乾隆與之後繼位的皇帝也都下令禁教。天主教在中國的黃金時期終告結束。實在可惜！！